# This document provides a detailed record of the calculation results of the # Residue-Residue Contact Score (RRCS) from GROMACS trajectories. RRCS is a # quantitative metric used to describe the interactions between residues within # a protein, specifically reflecting the degree of proximity between residues # in three-dimensional space. This metric is crucial for understanding the # dynamic changes in protein structures and their functional realization. # Columns: # - Frame: Indicates the frame index in the GROMACS simulation trajectory. # - Residue1: Lists the identifier of the first residue involved in the RRCS calculation. # - Residue2: Lists the identifier of the second residue involved in the RRCS calculation. # - RRCS: Displays the RRCS calculation score for the corresponding residue pair. # Note: For a comprehensive understanding of RRCS theory and its critical applications # in protein structure analysis, please refer to our research published in # eLife, "Common activation mechanism of class A GPCRs." This study explains # the principles of RRCS and demonstrates its use in revealing the activation # mechanisms of class A GPCRs. Frame Residue1 Residue2 RRCS 1 SYSTEM:121GLN SYSTEM:1LYS 0 1 SYSTEM:121GLN SYSTEM:10ALA 0 1 SYSTEM:121GLN SYSTEM:100SER 0 1 SYSTEM:121GLN SYSTEM:101ASP 0 1 SYSTEM:121GLN SYSTEM:102GLY 0 1 SYSTEM:121GLN SYSTEM:103ASN 0 1 SYSTEM:121GLN SYSTEM:104GLY 0 1 SYSTEM:121GLN SYSTEM:105MET 0 1 SYSTEM:121GLN SYSTEM:106ASN 0 1 SYSTEM:121GLN SYSTEM:107ALA 0 1 SYSTEM:121GLN SYSTEM:108TRP 0 1 SYSTEM:121GLN SYSTEM:109VAL 0 1 SYSTEM:121GLN SYSTEM:11ALA 0 1 SYSTEM:121GLN SYSTEM:110ALA 0 1 SYSTEM:121GLN SYSTEM:111TRP 0 1 SYSTEM:121GLN SYSTEM:112ARG 0 1 SYSTEM:121GLN SYSTEM:113ASN 0 1 SYSTEM:121GLN SYSTEM:114ARG 0 1 SYSTEM:121GLN SYSTEM:115CYS 0 1 SYSTEM:121GLN SYSTEM:116LYS 0 1 SYSTEM:121GLN SYSTEM:117GLY 0 1 SYSTEM:121GLN SYSTEM:118THR 0 1 SYSTEM:121GLN SYSTEM:119ASP 0.25705056871686655 1 SYSTEM:121GLN SYSTEM:12MET 0 1 SYSTEM:121GLN SYSTEM:120VAL 0 1 SYSTEM:121GLN SYSTEM:122ALA 0 1 SYSTEM:121GLN SYSTEM:123TRP 0 1 SYSTEM:121GLN SYSTEM:124ILE 1.6024710655212397 1 SYSTEM:121GLN SYSTEM:125ARG 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